新生儿发病原因比复杂。现代医学认为，主要是由大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄菌、克雷白杆菌及B组链球菌感染所致。
感染的途径有：
1.宫内感染：母亲孕期有感染（如败血症等）时，细菌可经胎盘血行感染胎儿。
2.产时感染：产程延长、难产、胎膜早破时，细菌可由产道上行进入羊膜腔，胎儿可因吸入或吞下污染的羊水而患肺炎、胃肠炎、中耳炎等，进一部发展成为败血症。也可因消毒不严、助产不当、复苏损伤等使细菌直接从皮肤、粘膜破损处进入血中。
3.产后感染：最常见，细菌可从皮肤、粘膜、呼吸道、消化道、泌尿道等途径侵入血循环，脐部是细菌最易侵入的门户。
院内感染易发生于下列情况：
①新生儿监护病区（NICU）治疗的患儿；②有入侵式治疗的患儿如气管插管、脐静脉插管等；③住院天数长；④接受手术治疗的患儿；⑤病房拥挤；⑥长期应用广谱抗生素治疗等。
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