由于肾盂肾炎往往表现出一定的全身性症状，有时候会被忽视肾盂肾炎的可能，或者和肾小球肾炎、其他尿路感染等相混淆。
在临床上，有全身水肿，高血压、肾小球圆形血尿含量较多的蛋白尿等肾小球病情症状时，才能判定为肾小球肾炎；而肾盂肾炎主要还是表现出全身性的炎性症状，如发烧、寒战、头痛、呕吐等情况，以及尿路刺激症状。虽然在后期，肾盂肾炎的发展同样会影响肾小球的功能，症状复杂需要经过仔细检查才能辨别，在发病前期，两者的症状区别还是容易分清楚的。
肾盂肾炎属于上尿路感染，容易与膀胱炎等下尿路感染相混淆。通过实验室的细菌培养可以区分。此外，肾盂肾炎还应与肾和泌尿系统结核、尿道综合征等区别。
肾盂肾炎分为急性期和慢性期。急性期患者，包括急性肾盂肾炎及慢性肾盂肾炎急性发作。这时候的疾病特点是起病急，常有怕冷、寒战、发热。体温可迅速升高达39℃～40℃，并伴有头痛、乏力、呕吐、腰酸、腰痛、肚子痛等感染症状。上行感染者在发热前先出现尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状。有的患者还可出现脓尿或血尿。这里的尿频不是说患者夜尿频繁，而是白天小便次数也很多，一个小时一次或多次。
慢性期患者，一般是病程超过半年，多是曾经有急性发作，但也有不少人，没有明显急性起病阶段而直接确诊为患慢性肾盂肾炎的病例。这一期的患者表现不一，常见不规律的低热、疲倦、乏力、腰酸、腰痛，而尿频、尿急、尿痛等尿路症状多不明显，有的患者可长期无自觉症状，只有检查尿液才能发现异常。晚期可出现头晕、头痛、嗜睡、浮肿、厌食、呕吐、贫血等肾衰和尿毒症症状。
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