子宫内膜异位症症状因人而异，且可因病变部位不同而出现许多不同症状，而不仅仅是痛经。约20%的患者无明显不适。
(1)痛经和持续下腹痛：继发性痛经是子宫内膜异位症的典型症状，且多随局部病变加重而逐年加剧。疼痛多位于耻区及腰骶部，可放射至阴道、会阴、肛门或大腿，常于月经来潮前1~2日开始，经期第一日最剧，以后逐渐减轻，至月经干净时消失。疼痛的程度与病灶大小并不一定成正比。病变严重者如较大的卵巢子宫内膜异位囊肿可能疼痛较轻，而散在的盆腔腹膜小结节病灶反可导致剧烈痛经。少数晚期患者诉长期下腹痛，至经期更剧。
(2)月经失调：有15%~30%的患者有经量增多、经期延长或经前点滴出血。月经失调可能与卵巢无排卵、黄体功能不足或同时合并有子宫腺肌病或子宫肌瘤有关。
(3)不孕：内膜异位症患者不孕率可高达40%。
(4)性交痛：性交时由于宫颈受到碰撞及子宫的收缩和向上提升，可引起疼痛，一般表现为深部性交痛，多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因病变导致子宫后倾固定的患者，且以月经来潮前性交痛更为明显。
(5)急腹症：卵巢子宫内膜异位囊肿(又称巧克力囊肿)破裂时，陈旧性的暗黑色黏稠血液流入腹腔可引起突发性剧烈腹痛，伴恶心、呕吐和肛门坠胀。疼痛多发生在经期前后或经期，其症状类似输卵管妊娠破裂。
(6)其他特殊症状：身体其他任何部位有内膜异位种植和生长时，均可在病变部位出现周期性疼痛、出血或块物增大，肠道子宫内膜异位症患者可出现腹痛、腹泻或便秘，甚至有周期性少量便血及肠梗阻症状等。异位内膜侵犯和压迫输尿管,膀胱肌壁可在经期引起尿痛和尿频，腰痛和血尿，但极罕见。如异位内膜侵犯肺部,会引起月经性咯血气胸等。此外，如剖宫产术后的腹壁瘢痕子宫内膜异位，术后每当经期时出现腹部瘢痕疼痛，并可在瘢痕深部摸到剧痛的包块，月经净后疼痛缓解，但下次经期时又复发作，且随时间延长，包块逐渐增大，腹痛亦多加剧。
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