对于龋齿真正发生的原因，现代医学也是经过了一段时间统一认识才清楚的。过去认为龋齿产生的原因是粘附在牙齿表面的牙菌斑，它们是细菌与食物残渣的复合物，牙菌斑中的细菌与食物发生反应发酵产酸，酸性物质腐蚀了牙齿，造成龋齿。
随着研究的进展，这种学说已经被放弃了。目前认为龋齿不单纯是牙菌斑引起的，而是多种因素相互作用的结果，包括宿主、微生物、饮食和时间四种主要因素，医学上称为四联因素，缺少任何一种因素的参与都不可能发生龋齿。
宿主是指人体自身，微生物指口腔内的细菌，饮食指含糖类较多的食物，时间指发生龋齿的作用时间。概括起来，龋齿发生的原因是：每个人的口腔中在正常情况下都存在着很多种细菌，其中数量较多的是乳酸杆菌和变形链球菌，它们属于产酸细菌。当产酸细菌与食物成分中的碳水化合物作用时就产生酸，这些酸会与牙釉质发生反应，使牙釉质表面脱钙、软化，于是就出现了牙洞。
但是龋齿产生需要一个时间过程，从开始到能看出有洞大概需要1年半左右的时间。另外，宿主情况的不同也有区别。有些人比较注意口腔卫生，牙齿的钙化程度比较好，就不容易发生龋齿;而有些人牙齿排列不齐，容易积存食物，又不注意好好刷牙，就容易发生龋齿。
食物中的碳水化合物主要来自糖类，其中蔗糖在食物中最丰富，它引起龋齿的作用也最强，当进入口腔后，细菌直接利用这些糖类加速繁殖，产生大量的酸，腐蚀牙齿表面，这也是为什么过去常说多吃糖容易使牙齿变坏的原因。
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