紧急避孕药会使女人的内分泌紊乱，人体有自身调节系统，在停药后3~7天可以来月经，下一周期不用药干扰，多数人也能调节回正常周期，但也有部分人干扰一次，导致好几个月没调回来。紧急避孕药对卵巢的危害也较大，可造成女性皮肤干燥、烦躁、失眠、阴道瘙痒等症状。
1导致卵巢早衰
常服用紧急避孕药的女性生活多不规律、精神长期处于紧张当中，还容易引起内分泌紊乱而导致卵巢早衰。由于目前对卵巢早衰尚无有效的治疗方法，只能靠周期性使用雌孕激素来替代卵巢功能，患者将失去生育自己宝宝的机会。
2使女性恶心呕吐
恶心：不同的药物发生率不同，其中米非司酮最低，为6%—7%。恶心一般持续不超过24小时;呕吐：不同的药物发生率不同，左炔诺孕酮约5%，米非司酮约1%。通常认为，与食物同时服用或睡觉前服药可以减少恶心、呕吐的发生率，但无确切的临床资料。
3对女性妇科方面的危害
不规则子宫出血：有些妇女用药后会有阴道点滴出血，一般无需处理。月经改变：多数妇女月经会按时来潮，也有一部分妇女月经提前或延迟。如果月经延迟1周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败，但如果失败也不能再次服用紧急避孕药。
4其他危害
如乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿司匹林或其他止痛药对症处理。
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