针对滴虫性阴道炎的治疗一般为药物治疗。常用药物为灭滴灵 (又称甲硝唑 )，可单独局部用药 ，也可全身加局部用药 ，以联合用药效果较佳 ，一般10天为一疗程。
但是 ，在临床上常遇到一些病人的滴虫性阴道炎相当顽固 ，症状时好时坏就是不愈 ，令患者感到烦恼 ，头痛。近年来 ，有些医院或妇保院开展了微波配合灭滴灵治疗这类顽固性滴虫性阴道炎的新疗法。
为何微波有助于治疗顽固性阴道滴虫病?有关临床医生介绍说 ：由于滴虫不仅寄存于阴道及阴道黏膜的皱褶内 ，还可深藏于宫颈腺体中 ，单纯局部用药不易杀灭这部分深藏的滴虫 ，因而使得阴道炎屡治屡犯 ，成为顽固病例。而微波治疗能使局部血管扩张 ，血液循环加速 ，组织代谢增强 ，白细胞吞噬能力增强 ，局部抵抗力因此而增强 ，有利于抵御滴虫入侵及繁殖 ，这是其一。其二 ，经微波加热的灭滴灵药液直接经阴道给药 ，更能透入阴道黏膜皱褶和宫颈腺体 ，扩散并杀灭深藏一些部位的“潜伏”滴虫 ，因而增强了灭滴灵的疗效。经正规的微波如灭滴灵治疗后 ，约 90%以上可达根治目的 ，效果优于单纯药物治疗。
应当注意的是微波治疗要由有经验的医务人员操作 ，并一定要注意监测 ，防止电压高时灼伤阴道黏膜 ，同时做好滴虫感染的预防工作 ，避免再感染。
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