西地那非被认为是治疗阳痿最有效的口服药，临床总有效率为77，临床应用上总体讲是安全、可靠的，常见的不良反应有头痛、面色潮红、消化不良，少数患者有鼻塞、视觉异常、腹泻、血压下降、皮疹等，但大多都是轻至中度，且为一过性，未见异常勃起发生的报道。
证据举例
在1998年一项涉及四千多例患者的安全性实验研究结果显示，因不良反应而停药者在西地那非治疗组和安慰剂对照组分别为2.5和2.3，心血管不良反应发生率为3和3.5，其中80为轻度，仅0.9因此而停药。严重的不良反应如心肌梗死、心绞痛的发生率两组均无显著差异，这提示西地那非应用安全，易于耐受。
产生不良反应的原因
有报道称西地那非会改变视觉，有3~6的患者服用西地那非后出现色盲及视觉模糊，这是西地那非对于分布于视网膜上的磷酸二酯酶-1作用的结果。尽管视觉上的障碍是短暂的，停药后一般立即消失，但对于飞行员、晚上依赖荧光屏工作的人应慎用。
不良反应的出现与磷酸二酯酶-5的分布有关，人体许多组织中都含有磷酸二酯酶-5，如血管平滑肌、支气管、食管、肛门括约肌、尿道、前列腺甚至血小板中均有分布。因此有凝血障碍及活动性溃疡的患者也应慎用。
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