中医认为多由肌肤腠理不密，风热邪毒侵入体内，或体内肝虚血燥，筋气不荣，热毒外发郁积皮肤而发病。扁平疣不但影响美观而且具有传染性。一但在人体出现感冒，发热，精神创伤，过度劳累，月经期或内分泌失调等人体抵抗力降低情况下，体内潜伏的疣病毒则可骤然发病，出现较多疣疹。
1)口服药物：抗病毒药物：病毒灵，每次口服0。2克，每日3次，1个月为一疗程;或泛昔洛韦，每次0.2克，每日2次，疗程同前。提高免疫力的药物：口服左旋咪唑50毫克，每日3次，服3日停11日。其他：每次服维生素A2。5万单位，每日3次。口服溶菌霉，每次5～7片，每日3次。口服乌洛托品，每次0.3～0.5克，每日3次。
2)注射药物：维生素B12：每次100毫克，每日1次肌注，30天一个疗程。转移因子：皮下注射，每次2毫升，每周2次，30天一个疗程。聚肌胞：肌注，每次2毫克，3日1次，30天一个疗程。也可以皮损内注射，疗效较佳。板蓝根注射液：肌注，每日2次，每次2毫升，注射两个星期为一个疗程，同时用板蓝根30克，煎水熏洗扁平疣处皮肤，每日2-3次。
3)局部外用药物疗法：5%氟尿嘧啶软膏外涂，次日再用1%金霉素软膏外涂，交替使用，可以去扁平疣。亦可用0。1%维甲酸软膏外涂，或外搽50%雷锁辛溶液，每日2次，直到其消退。如使用上述药膏外涂后，局部皮肤有轻度发红或炎症，不需停药，因为轻度炎症可以促进扁平疣的消退。
4)液氮冷冻或激光治疗：需由皮肤科医生操作治疗。
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