慢性肾小球肾炎(慢性肾炎)的发病有很多因素，如感染(如上呼吸道感染、消化道感染和泌尿道感染)、自身免疫功能紊乱(如系统性红斑狼疮)、某些药物(如青霉素、止痛药和某些中药)、食物(如海鲜导致的过敏)、遗传(如多囊肾、系统性红斑狼疮、IgA肾病)和环境(某些有机溶剂)等，其中免疫机制几乎参与了各种病因导致的发病过程。
免疫机制包括两种方式：体液免疫和细胞免疫。体液免疫主要是B淋巴细胞产生抗体，和外来的抗原或者自身的抗原结合形成免疫复合物，并且在肾脏沉积导致发病;细胞免疫则是T淋巴细胞或单核巨噬细胞侵犯肾脏，并触发免疫反应导致肾脏损伤。
与免疫机制密切相关的还有炎症反应，无论是体液免疫还是细胞免疫，在免疫反应过程中会产生大量的炎性细胞和炎性因子，在正常情况下，这些炎性细胞和炎性因子会杀灭外来的细菌和病毒，但在异常的情况下，它们杀灭自身的肾脏细胞，形成肾炎。
此外，在慢性肾炎的发展过程中，一些非免疫因素也起了重要作用，如高血压、高血脂、蛋白尿等，这些因素均可以加重肾脏损害，这就是为什么在治疗肾炎过程中除了使用激素和免疫抑制剂，往往还需要降血压、降血脂和降蛋白的原因。
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