根据果园地理环境套栽干旱地区果园只适合套栽耐旱药材，如柴胡、黄芩、黄芪、知母等，或不耐寒的药材，如元胡、附子、北沙参等；山区则应选择套种喜湿、怕热的黄连、党参、麦冬、三七、西洋参等。
根据果树的物候期套栽枣树、柿树等发芽较迟果树，可套栽喜光但有夏眠习性的药材，如贝母、元胡等；对桃、杏、樱桃、枇杷等成熟期在最热季节到来之前已结束的果园，可套栽喜热、怕践踏的菌类药材，如茯苓、天麻、猪苓等，还可利用此阶段树冠的保湿、遮阴作用种植木耳和银耳。
根据树龄套栽幼龄果园因尚未封行，可在行间栽培1～3年收获的药材，如地黄、远志、黄芩、菊花、黄芪、牛膝、板蓝根、草决明、白术、柴胡等，老龄果树园则应选择喜阴或耐阴的药材品种，如半夏、三七等。
根据树冠情况套栽树冠及树叶较稠密的果树，如桃、樱桃、杏、萄葡、柿子等，可套栽半夏、天麻、灵芝、黄连等喜阴湿环境的药材；树冠较稀疏的果树，如苹果、梨、山楂等可套栽丹参、百合、天冬等稍耐阴湿的药材。
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