1、种子的收获
育苗移栽的当归到10月中下旬植株枯黄时即可采收。选留无病虫害、生长良好的地块不挖，翌年早春拔除杂草，加强肥水管理。8月中旬种子由红色转为粉白色时即可分批采收。每亩可收获种子40kg～100kg。将采收的果序扎成把儿放在屋檐下晾干，以免种子受潮和阳光长期暴晒而影响种子发芽率。
2、根的收获
10月上旬植株叶片变黄，割去地上部分，使阳光晒到地面，促使根部成熟。10月下旬～11月上旬采挖当归。采挖不宜过早或过迟，过早根内营养物质积累不足，根条不充实，产量低，质量差。过迟气温下降，根内营养物质分解消耗，产量、质量均下降。采挖时小心挖起全根，抖去泥土，从地的一端尽量挖全，挖后结合犁地再捡一次漏挖的当归。
3、当归的贮藏
当归易遭虫蛀、发霉、泛油，其末端易吸潮变软，表面有油状物溢出并散发出异味。因此，当年收获的当归要贮于阴凉干燥处，温度在28℃以下，相对湿度70%～75％，商品安全水分为13%～15%。为害的仓虫有细胫露尾甲等。贮藏期间定期检查，发现吸潮或轻度霉变、虫蛀，要及时晾晒，或加温60℃进行烘干。有条件%地方可用密封抽氧充氨技术养护。
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