上清丸的种类有四种，上清丸、黄连上清丸、牛黄上清丸、芎菊上清丸，但是他们的作用是非常接近的。虽然功效用法大致相同，其实它们各有所长，用法用量也不相同。
“大同”：治疗上呼吸道感染
上清丸、黄连上清丸、牛黄上清丸、芎菊上清丸的作用是非常接近的。
首先，它们的主要成分大体相同。例如都有黄芩、栀子用来清热，白芷、防风、荆芥用来祛风止痛。
此外，它们最重要的共同特点还是体现在“上”字。上，就是上焦的意思，也就是说，上清丸是为“上焦”（如肺脏、上呼吸道）等清热解毒。为什么会起到这样的作用呢？原来上清丸都是选用一些药性和质地比较轻浮、又能清热解表的成分，如连翘、菊花、桔梗、薄荷、荆芥穗等;此外，上清丸的有些成分还注明要经过“炒”甚至“酒炒”才能入药，使某些本来不够轻浮的药物变得轻浮起来，例如黄芩、栀子、防风，还有黄柏、大黄。这样，基本上所有的成分都能达到“清上焦热”的效果，这就是“上清丸”名称的由来———“上清丸”系列本身就是主治上焦发热的，临床上擅长于各种上呼吸道感染所导致的发热、疼痛。
第三，由于“上清丸”系列的主要成分都偏寒凉，可能影响消化功能，所以年老体弱、消化功能不好的患者使用的时候要特别谨慎;在服药期间要停止食用所有可能伤胃的辛辣刺激食物;最后，上清丸的成分比较复杂，一般来说，孕妇忌服。
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