治疗孕妇感染弓形虫病，在妊娠22周以前感染者，应考虑治疗性人工流产.围产期受者应积极治疗，直至分娩。先天性感染不论有无临床症状，均应治疗。后天获得性感染凡有症状者，特别是病情严重。免疫力差的急性感染患者与免疫缺损、器官移植、或采用皮质激素者，均应治疗。目前治疗本病的常用药为乙胺嘧啶(purimethamine)与磺胺嘧啶联合应用，但对包囊无效，故易复发，因而疗程要长。乙胺嘧啶第一日剂量，成人为50mg，小儿为1.0mg/kg，分2次服。第2日起减半，一次服。磺胺嘧啶剂量成人每日4.0g,小儿每日100mg/kg，分4次服，疗程一个月，必要时可延长。乙胺嘧啶具有可逆性骨髓抑制作用。可出现全血细胞减少，故服药期间应检查血象，包括血小板计数每周1～2次，如毒性反应严重则暂停治疗，并服用甲酰四氢叶酸，每日15mg，待恢复后再继续乙胺嘧啶治疗。治疗期间同时采用甲酰四氢叶酸，每日6.0mg，分次服,可减毒性作用。又因乙胺嘧啶有致畸作用，故孕妇尤其是早孕妇女不宜应用。SD须与等量碳酸氢钠同服。
眼弓形虫病需用皮质激素如泼尼松合并乙胺嘧啶治疗，第2个月用SD。眼周注射林可霉素（clindamycin），对急性脉络膜视网膜炎有效。复方新诺明(SMZcO)。日2次，成人及12岁以上的儿童，每次2片，6～12岁1/2～1片，2～5岁1/4～1/2片，2岁以下为1/4片。疗程1个月，疗效相当或优于乙胺嘧啶与SD，其毒性较低。
螺旋霉素（spiramycin）：成人每日2～4g，儿童每日50～100mg/kg，分4次服，连服3周后间隔1～2周，可再服用，效果良好。本药在胎盘等组织中浓度较高，又无致畸作用，因而适用于孕妇。其毒性小，副作用少而轻，可有恶心、呕吐、胃肠不适，偶有肝功受损和嗜酸粒细胞增多的过敏反应。
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