秦汉之际，方士蜂起，顺应统治阶级帝王们的愿望，寻求长生登仙之道。如秦时的安期生，汉时的李少君，至晋代的葛洪，他们对饮食营养、卫生、化学都有相当阐发，其中虽有不合理的成分，但对食治食养都有或多或少的贡献。晋唐时期，饮食营养学在前代初步形成的理论指导下，食养食疗实践和经验的积累更为广泛和丰富，特别是对一些营养缺乏性疾病的认识和治疗取得较大成就。若干由营养素缺乏所致的疾病，如甲状腺肿、脚气病、夜盲症等都能认识，并用有关食物来进行治疗。[例如]晋葛洪在其所着《肘后方》中，首先记载用海藻酒治瘿病(甲状腺肿)以及用猪胰治消渴病(糖尿病)。东晋医家支法存对脚气病(维生素B1缺乏病)很有研究，拟医方多条治疗。方中药物颇多含有维生素B1。以后孙思邈在支氏的基础上进一步认识脚气病为食米区疾病，并提出食用谷皮和米熬粥来预防。后来，《诸病源候论》记载了用羊治甲状腺肿，蟾酥治创伤，羚羊角治中风。《千金方》首用猪肝治夜盲症。“以脏补脏”的原则也就产生了。总之，当时食疗已被医家们充分重视，孙思邈在《千金翼方》中就强调“若能用食平疴，释情遣疾者，可谓良工，长年饵生之奇法，极养生之术也。夫为医者，当需先洞晓病源，知其所犯，以食治之，食疗不愈，然后命药。”他还引扁鹊的话说：“不知食宜者，不足以存生也，不明药忌者，不能以除病也，……若能用食平疴释而遣疾者，可谓良工。”与此同时，在理论总结上，食疗开始逐渐从各门学科中分化出来，出现了专门论述食疗的专卷，标志食疗专门研究的开始。
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