目前治疗乙肝比较有效的药物有α-干扰素、日达仙、拉米夫定、泛昔洛维、胸腺-5肽等，但这种治疗结果大都限于HBVDNA阴转及减少纤维化，而对其它抗原(包括抗体HBcIgG,IgM)的进一步阴转影响不大。少数抗-HBe阳性的慢活肝，没有病毒复制证据，可能病毒已清除，但自身免疫反应持续发展。本类病人对抗病毒治疗及免疫抑制治疗均可能无效。
如果乙肝两对半为小三阳，HBV-DAN(应采用PCR及斑点法同时检测;最好经肝活检证实))为(-)且肝功能、B超及AFP等均长期正常，则说明病毒已清除，无传染性，只所以乙肝三系仍表现为小三阳状态，可能是因为机体免疫系统的记忆性延续(有如愈合后的伤口留下的疤痕一样)，这种延续甚至会持续终生。所以已无需隔离与治疗;因为目前尚无可在此类小三阳基础上进一步治疗乙肝的公认的而有效的药物;一味追求转阴而服用大量治疗性中西药物只会增加肝脏负担甚或招致不良后果。
这类乙肝小三阳患者是可以结婚、生育与健康人一样生活、工作和学习的，所谓减少寿命一说是毫无科学根据的。鉴于此类型小三阳患者病毒虽已清除但体内可能存在着乙肝病毒易感基因，故若配偶乙肝三系均为阴性则应尽早注射乙肝疫苗，以期产生抗体[HBsAb]后再结婚、生育为妥。此前性生活男方应使用避孕套为上。生育后婴儿应在医生指导下注射乙肝疫苗、乙肝免疫球蛋白。
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