病人由潜伏期进入艾滋病病变期。由于T4淋巴细胞的大量耗失，巨噬细胞和自然杀伤细胞〈NK细胞)功能下降，致成严重的细胞性免疫缺陷，而导致艾滋病的形成。
艾滋病的各种症状都是逐渐发生，慢慢发展，日趋严重，如日渐消瘦，疲惫乏力；接着发生各种机会性感染和恶性肿瘤，或者中枢神经系统感染。
患者常于半年至1年死亡，常死于肺抱子虫肺炎(病死率为43.8%)、卡波西肉瘤(21.4%)或中枢神经系统感染。艾滋病病毒与机体免疫力之间的关系相当复杂。
实际上；艾滋病病毒不仅进入T4淋巴细胞，也进入血流中的其它有CD4受体的细胞，如单核细胞也进入人体的各种脏器，包括脑、胃肠道、肝、肾及其它器官。这些器官中都有相当多的巨噬细胞，它们也是艾滋病病毒导向的靶细胞。目前，除了脑部感染已经证明与艾滋病病毒有关外，其它脏器表现的症状和体征是否也与艾滋病病毒有关，尚缺乏直接证明。
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